La Iglesia de San Juan se trata de una construcción con un estilo gótico florido del siglo XVI, aunque fue levantada sobre la base de un templo románico aún más antiguo (siglo XIII), del que a día de hoy solo se conserva la Pila Bautismal. La torre de la Iglesia fue construida en piedra de sillería, traída en 1760 de la cantera de Val de Ur (Valle del Agua), por el arquitecto Bartolomé Alonso, vecino de Villanueva y natural de Llanes (Asturias). Aunque no fue hasta el año 1761 cuando se terminó por completo la torre. Su planta es de salón con tres naves separadas por pilares que soportan bóvedas de crucería estrellada y tiene una portada de arco de medio punto.
Destaca la capilla del arzobispo Don Francisco Díaz-Santos Bullón, Obispo de Barcelona y Señor de Sigüenza, con cúpula con linterna y escudo de los Bullón, que la mandó construir en el año 1759. Esta capilla es apodada como "Capilla de los Enríquez", familia noble más influyente y conocida de la localidad. También hay una segunda capilla perteneciente a San Antonio, patrón de Guardo. Ambas capillas datan del siglo XVIII.
Su interior alberga una gran riqueza patrimonial resaltando la talla de San Antonio de Padua (patrón de la localidad), la del Cristo de la Agonía, que preside el Altar Mayor, la Cruz Procesional, la Reliquia de Santa Columba y diversas tallas más de excepcional barroco datadas del siglo XVIII.
Al lado de la capilla de los Enríquez se encuentra la Pila Bautismal, de origen románico y único resto arqueológico de aquella época que nos queda. No se sabe su procedencia pero es una hermosa pieza, robusta, de tipo cónico truncado, sin curvatura en su superficie y sin peana y soporte propio. En su contorno lleva una greca clásica. Posiblemente fue tallada por un artista local que supo darle a la pieza una gran expresividad y dramatismo. En ella se representan escenas sobre la vida y la muerte.
A simple vista, en la Pila Bautismal se distinguen dos bandas o zonas iconográficas, claramente diferenciadas, en las que se pueden distinguir:
- En la parte superior, escultóricamente más trabajada y de mayor volumen, destacan: Arcos rudimentarios en ángulo de "vertida" a dos aguas. Figura de un centauro sagitario. Cuadrúpedo de mayor tamaño. Hombre y mujer "conversando".
- En la parte inferior, se observan figuras como dentro de unas fosas, destacando entre ellas un personaje femenino, tumbado pero vivo y en movimiento.
Todos sus personajes giran en torno de la vida (banda superior) y de la muerte (banda inferior), de difícil interpretación y difícil simbolismo.
